Un certain Jean-Baptiste Chemin-Dupontès a rédigé un Manuel des Théophilanthropes, paru en septembre 1796. Puis l’ouvrage fut rendu populaire à l’initiative de l’homme de Lettres Valentin Haüy. Tous deux formèrent, avec trois autres hommes, le premier comité de direction du culte de la religion naturelle. Cette nouvelle religion, ou secte selon certains, qui prônait l’amour de Dieu et des Hommes avec tous les avantages de la religion mais sans les inconvénients s’étendit dans de nombreuses bourgades françaises autour de Paris. Elle fut immédiatement adoptée par à Sens et à Auxerre.

La prière du matin des théophilanthropes de Sens à Robespierre
« Notre père qui êtes aux enfers, que votre nom soit révéré ; que votre règne se rétablisse ; que vos décrets soient exécutés dans le département de l’Yonne comme à Sens ».

A l’instar des théophilanthropes d’Auxerre, ceux de Sens tentèrent de s’emparer de la cathédrale pour y faire leurs « messes », en vain. Le Conseil municipal leur confia la chapelle du grand séminaire (actuel collège Montpezat). Benoist de Lamothe, surnommé « Le mage de Soucy », présidait le culte de la ville. « Sa personne avait quelque chose de grotesque. Il portait habituellement un grand chapeau, un petit gilet, un long pantalon, une pannetière et une espèce de bourdon. Ce costume ayant attiré les regards des passans » raconte Jacques Barthélemy Salgues dans son ouvrage Des erreurs et des préjugés dans les 18e et 19e siècles. Benoist de Lamothe était aussi l’auteur d’un ouvrage dédié au culte : Office du matin et du soir, à l’usage des théophilanthropes ou chrétiens français.

Les théophilanthropes de Sens et d’Auxerre créèrent aussi un journal, l’Observateur du département de l’Yonne auquel les royalistes de Sens répondirent par la moquerie et la critique avec le Journal politique et littéraire du département de l’Yonne, rédigé par Louis-Hardouin Tarbé. Ils pratiquaient les rituels mis en place par les fondateurs, similaires à ceux de l’église catholique, faits de cantiques et de prières. Ils rendaient hommage à leurs propres saints tels que le philosophe Socrate, l’écrivain et philosophe Jean-Jacques Rousseau ou encore le théologien François de Salignac de La Mothe-Fénelon.

D’ailleurs à propos de ces rituels, il semblerait que les Sénonais se soient encore distingués en modifiant celui du baptême qui consistait normalement à mettre un peu de miel sur les lèvres de l’enfant en disant « Qu’il soit doux comme le miel de l’abeille ». Les Sénonais avaient décidé d’utiliser de la confiture de groseille. Au final, ils furent réprimandés, mais pas excommuniés, par les fondateurs du culte qui se rendirent à Sens tout spécialement pour corriger cette bévue.

La fin de la théophilanthropie
Après le coup d’état du 9 novembre 1799, un Consulat provisoire est mis en place, avec à sa tête, Bonaparte, Sieyès et Ducos. Napoléon Bonaparte cherche à stabiliser le pays et à consolider son autorité, notamment en régulant les cultes pour éviter les divisions religieuses. Le Concordat de 1801 rétablit le catholicisme comme religion dominante en France et marginalise les autres. Le culte théophilanthropique est d’abord interdit dans les églises par arrêté du 4 octobre 1801. Puis sa pratique est fermement prohibée par Napoléon en 1802. Les temples théophilanthropiques furent fermés, et le culte, déjà affaibli par le manque de soutien, ne survécut pas longtemps après cette interdiction officielle.