En 1562, la religion protestante prenait de l’ampleur depuis plusieurs années, avec une liberté de culte et un nombre grandissant de conversions, dont un bon nombre de nobles. Mais une guerre entre protestants et catholiques débute le 1er mars à Wassy en Champagne. Le duc de Guise se rend avec une escorte dans une grange où a lieu un prêche protestant. Une dispute se transforme en massacre de la foule, avec 50 morts et plus de 150 blessés. La même année, les Sénonais ne sont pas en reste. En avril, ils passent aussi à l’offensive avec le massacre de plus de cent Huguenots.

En 1584, Henri de Navarre hérite à la fois de la couronne et de cette guerre interminable. Douze ans plus tôt, le Béarnais avait épousé Marguerite de Valois dite la reine Margot, sœur de Charles IX et fervente catholique. Ce qui avait eu pour effet d’échauffer plus encore les Parisiens qui avaient déjà assassiné plusieurs milliers de protestants en 1572 (Massacre de la Saint-Barthélemy). Le fait est que la Ligue catholique ne veut toujours pas de ce roi protestant. Henri IV part alors à la conquête de ses villes ennemies en 1590, les assiégeant une à une, dont la ville de Sens qui entrera en résistance.

**Avril 1590, la prétendue capitulation de Sens

Divers documents font état du siège de Sens et témoignent même de la hargne des Sénonais fidèles à la Ligue catholique. « Pendant les fêtes de Pâques », le 19 avril 1590, « tandis que tout le monde était en dévotion, le Roi envoya sommer la ville de Sens de le reconnaitre » raconte le magistrat Jacques-Auguste de Thou dans ses mémoires. Les Sénonais demandent d’abord un temps de réflexion puis ils déclarent « qu’ils aimaient mieux risquer tout, que de paraitre préférer leur intérêt particulier au bien général de la Religion ». En somme, ils préfèrent mourir en combattant plutôt que se soumettre aux dits « hérétiques » ; la Ligue ne reconnaissant que le cardinal de Bourbon en tant que roi légitime, nommé Charles X, soit Charles Ier de Bourbon, lors du traité de Joinville le 31 décembre 1584. Sens est elle-même l’une des plus attachée à la Ligue selon le magistrat. Le 25 avril, « les habitants s’assemblèrent par cantons, chacun en son quartier, dans lesquels assistèrent les capitaines, lieutenants et enseignes de « la garnison, chacun dans le quartier où ils commandaient ; » rapportent les auteurs de la Société des Sciences historiques et naturelles de l’Yonne. Le 26 avril, la ville est sommée une troisième fois de se soumettre au roi qui se trouvait à Bray à ce moment-là.

Mais le 27 avril 1590, avec l’approbation d’une assemblée d’habitants et d’autorités locales réunis ce jour-là, le Gouverneur de la ville de Sens, Jacques Harlay de Champvallon, fait finalement transmettre au roi son intention de capituler. Sur cette nouvelle, Henri IV donne l’ordre au maréchal d’Aumont de s’y rendre. Pour le magistrat de Thou, qui se réfère aux publications des Parisiens de l’époque, cette démarche n’était qu’une manœuvre visant à piéger le roi.

**Le soulèvement de la population sénonaise

Quoi qu’il en soit, à l’arrivée du maréchal d’Aumont à Sens, le peuple prend les armes et se soulève avec violence, avec le concours des villageois des environs, qui se font appeler les Sabotiers, dont ceux de Courlon postés en haut de la tour Saint-Hilaire. Le maréchal d’Aumont en fait part au roi et lui conseille d’assiéger immédiatement la ville pour les obliger à se céder.

Le mardi 1er mai 1590, la ville de Sens est assiégée. De minuit jusqu’au lendemain matin, un assaut contre la muraille à coups de canon finit par la faire céder et une partie de l’armée peut s’engouffrer dans l’une des deux brèches qui s’est formée, de 9 mètres de longueur entre les portes Notre-Dame et Saint-Hilaire. Mais les Sénonais ripostent sans attendre. « Ils faisaient un feu si terrible avec leurs fauconneaux que le roi demanda de quel régiment étaient ces soldats » rapporte Théodore Tarbé, occasionnant des pertes sévères du côté de l’ennemi.

Le roi lève le siège afin de se concentrer sur Paris qu’il a hâte d’investir, sachant qu’il avait pris Melun, Corbeil, empêchant ainsi l’arrivée des vivres. Il s’intéressait peu à la ville de Sens, notamment parce qu’il avait saisi tous les ponts de la rivière d’Yonne jusqu’à Montereau qui avait capitulé. De leur côté, les Sénonais s’empressent de réparer les brèches faites dans la muraille et les consolident.

**Sens se soumet au roi après 4 ans de résistance

La ville de Sens affichera cette farouche résistance au roi pendant près de quatre ans, ponctuée par des périodes d’accalmie. En 1593, la plupart des villes hostiles à Henri IV ont capitulé. Joigny se rendra le 26 mars 1594. Henri IV n’exclue pas de se convertir au catholicisme pour conquérir Paris qui finit par s’ouvrir à la discussion, car il sait qu’il ne sera jamais accepté en tant que roi protestant. Et pour mettre fin à cette guerre interminable, le 25 juillet, il abjure la religion protestante et se convertit à la religion catholique. Il est sacré roi de France et de Navarre le 27 février 1594 à Chartres, par l’évêque de la ville Nicolas de Thou. Le 22 mars 1594, Paris lui ouvre ses portes et les chefs de la Ligue se soumettent à son autorité.

Sens demeure prête à toute résistance tandis que les campagnes sont saccagées et les maisons de ses habitants pillées. Dans la nuit du 31 mars 1594, l’amiral de Biron tente un nouvel assaut contre les Sénonais aux côtés de plus de 700 hommes d’élite. C’est encore un échec et le siège est de nouveau levé. Cependant, le 16 avril 1594, quelques mois après la chute de Villeneuve-le-Roi et Joigny et faisant suite à la nouvelle de la reddition de Paris, les Sénonais finissent par se soumettre au roi. Mais à une condition cependant, requise par lettre, que le roi permette à la ville et ses faubourgs d’exercer la « religion catholique, appostolique et romaine ». Le roi y consent sans mal.

« Bien que Sens se fût soumise, la guerre n’en continua pas moins d’exercer ses ravages pendant plusieurs années. La Ligue était puissante et de Champagne faisait des incursions dans le Sénonais » rapporte l’historien local Gérard Daguin. Il ajoute que l’Edit de Nantes, signé le 13 avril 1598, qui autorisait une liberté du culte protestant « mit fin aux guerres de religion qui ont ravagé, pendant trente ans, le Royaume de France ».